南通大学主校区位于南通市啬园路9号，占地面积较大 ，涵盖了多个学院和专业 ，根据南通大学官网信息，主校区设有以下学院和专业：
医学院是南通大学的优势学院之一 ，拥有悠久的历史和良好的师资力量 ，学院设有临床医学 、基础医学 、护理学等多个专业，人体解剖与组织胚胎学为国家重点学科培育建设点，基础医学为省高校优势学科。
文学院在南通大学主校区设有汉语言文学、中国古代文学 、外国语言文学等专业 ，中国古代文学为省重点学科 ，具有丰富的学术底蕴 。
理学院主要从事数学 、物理、化学等学科的教学与研究，设有数学与应用数学、物理学 、化学等专业 ，学院在基础学科领域具有较强的实力 ，多个专业在全省具有较高的地位 。
政治学院主要培养政治学 、法学、社会学等专业的人才，设有政治学与行政学 、法学 、社会工作等专业 ，学院在政治学领域具有较高的研究水平。
管理学院致力于培养具备管理、经济 、法律等多方面知识的高级管理人才 ，设有工商管理 、市场营销、财务管理等专业，学院在管理学科领域具有较强的教学和研究实力 。
商学院主要从事经济学 、贸易学 、金融学等学科的教学与研究 ，设有国际经济与贸易、金融学 、物流管理等专业 ，学院在经贸学科领域具有较高的地位 。
教育科学院致力于培养优秀的教育工作者和心理学专业人才，设有教育学 、心理学等专业 ，学院在教育学和心理学领域具有较高的研究水平。
外国语学院主要从事英语、日语、法语等语言的教学与研究 ，设有英语 、日语 、法语等专业，学院在外国语言学科领域具有较高的地位。
化学化工学院主要从事化学、化工等学科的教学与研究，设有化学工程与工艺 、制药工程等专业 ，学院在化学化工领域具有较强的实力 。
生命科学学院致力于培养生物学 、生物技术等专业的人才 ，设有生物科学、生物技术等专业，学院在生命科学领域具有较高的研究水平 。
机械工程学院主要培养机械设计 、制造 、自动化等专业的人才 ，设有机械设计及理论、机械制造及其自动化等专业 ，学院在机械工程领域具有较强的实力。
电子信息学院主要从事电子 、通信 、计算机等学科的教学与研究，设有电子信息工程、通信工程等专业 ，学院在电子信息领域具有较高的地位 。
电气工程学院主要培养电气工程 、自动化等专业的人才 ，设有电气工程及其自动化 、自动化等专业，学院在电气工程领域具有较强的实力 。
计算机科学与技术学院致力于培养计算机科学与技术等专业的人才 ，设有计算机科学与技术、信息安全等专业 ，学院在计算机科学领域具有较高的地位。
建筑工程学院主要培养建筑、土木 、工程管理等专业的人才，设有建筑学 、土木工程等专业 ，学院在建筑工程领域具有较强的实力 。
纺织服装学院主要从事纺织工程、服装设计等学科的教学与研究 ，设有纺织工程 、服装设计与工程等专业，学院在纺织领域具有较高的地位 。
公共卫生学院致力于培养公共卫生与预防医学等专业的人才，设有公共卫生与预防医学等专业 ，学院在公共卫生领域具有较高的研究水平。
护理学院主要培养具备临床护理 、护理管理等多方面能力的高级护理人才 ，设有护理学专业，学院在护理学科领域具有较强的教学和研究实力 。
体育科学学院主要培养体育教育、运动